Sebagai upaya membantu pemerintah dalam penyelenggaraan
pendidikan guna mencerdaskan bangsa, dan untuk menampung minat alumni Institut
PTIQ yang ingin mengikuti studi lanjut , serta melihat perkembangan kebutuhan
masyarakat akan lembaga yang mampu melahirkan ahli dalam Ilmu Agama setingkat
Magister, maka dengan mengacu kepada Peraturan Pemerintah Republik Indonesia
Nomor 60 Tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi, serta Surat Keputusan Menteri
Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 222/U/1998, Institut
Perguruan Tinggi Ilmu Al-Qur’an Jakarta dengan dukungan tenaga akademik yang
ahli di bidangnya dan sarana pendidikan yang dimiliki pada tahun akademik
1999/2000 telah membuka Program Pascasarjana Ilmu Agama Islam.
Dalam pelaksanaan program tersebut, dengan
disadari bahwa Ilmu Agama Islam sebagai ilmu yang berhubungan dengan keagamaan,
tidak dapat terlepas dari perkembangan yang terjadi dalam masyarakat, maka Institut
PTIQ Jakarta mulai tahun akademik 1999/2000 membuka Program Pascasarjana Ilmu
Agama Islam dengan bidang kajian atau Konsentrasi Ilmu Tafsir (IT).
Pada tahun 2005, Lembaga Pendidikan Islam
mengalami perkembangan pesat. Disamping pesantren yang pada umumnya terletak di
pedesaan, lembaga-lembaga pendidikan di perkotaan makin banyak bermunculan dari
tingkat Play Group hingga perguruan tinggi. Perkembangan ini tentu memerlukan
tenaga pengelola lembaga pendidikan yang handal sesuai dengan karakteristik
Islam. Untuk menjawab kebutuhan tersebut dan berdasarkan Surat Perpanjangan
Izin No. Dj.II/104/2006, pada tahun akademik 2005/2006 Program Pascasarjana
Institut PTIQ Jakarta membuka Konsentrasi Manajemen Pendidikan Islam (MPI).
Berbekal Surat Izin Penyelenggaraan Program
Magister Pendidikan Islam Dj.I/315/2009 tanggal 4 Juni 2009; Status
Terakreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor
005/BAN-PT/Ak-VII/S2/VI/2009 tanggal 26 Juni 2009; dan Surat Perpanjangan Izin
Penyelenggaraan Program Magister Ilmu Agama Islam No. Dj.I/618/2009 tanggal 23
Oktober 2009, dan pada tanggal 17 Juli 2012 Pascasarjana Institut PTIQ juga telah membuka Program Doktor (S3) bidang Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir sesuai dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 853 Tahun 2013 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi yang ditandatangani langsung oleh Direktur Jenderal Pendidikan Islam.